Una schermata del disegno degli esperimenti rivela che Clostridium novyi

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Apr 29, 2023

Una schermata del disegno degli esperimenti rivela che Clostridium novyi

Communications Biology volume

Biologia delle comunicazioni volume 6, numero articolo: 118 (2023) Citare questo articolo

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Sebbene Clostridium novyi-NT sia un farmaco batterico antitumorale che germina all'interno dei tumori ipossici per uccidere le cellule tumorali, gli effettivi fattori scatenanti della germinazione di C. novyi-NT sono ancora sconosciuti. In questo studio, selezioniamo i germinanti candidati utilizzando disegni sperimentali combinatori e scopriamo per serendipità che la D-valina è un potente germinante, inducendo la germinazione delle spore del 50% a una concentrazione di 4,2 mM. Ulteriori indagini hanno rivelato che cinque analoghi della D-valina sono anche germinanti e quattro di questi analoghi sono coppie enantiomeriche. Questo effetto stereoflessibile degli amminoacidi L e D mostra che la germinazione delle spore è un processo complesso in cui le interazioni enantiomeriche possono essere confondenti. Questo studio identifica anche la L-cisteina come germinante e l'ipoxantina e l'inosina come co-germinanti. Diversi altri aminoacidi promuovono (L-valina, L-istidina, L-treonina e L-alanina) o inibiscono (L-arginina, L-glicina, L-lisina, L-triptofano) la germinazione in modo interazione-dipendente. La D-alanina inibisce tutta la germinazione, anche nei terreni di crescita complessi. Questo lavoro getta le basi per migliorare l'efficacia della germinazione delle spore di C. novyi-NT nei tumori.

Clostridium novyi Tipo A è un batterio anaerobico obbligato che forma spore e causa mionecrosi clostridiale, testa grossa ed epatite necrotica negli ovini, caprini e suini1. In particolare, è responsabile della testa gonfia dell'ariete "Dikkop", un'infezione che si verifica attraverso ferite inflitte tra giovani arieti durante i combattimenti, con la morte che avviene entro 48-72 ore. C. novyi è un patogeno più nei bovini che negli esseri umani, con l'eccezione di uno sporadico focolaio di infezioni tra i tossicodipendenti in Scozia la cui eroina era stata contaminata dalle spore di C. novyi3.

C. novyi-NT, una versione non letale del batterio selvatico generato attraverso l'attenuazione della sua alfa-tossina, è attualmente in fase di sperimentazione clinica come terapia sperimentale per i tumori solidi4,5. Il potenziale terapeutico di C. novyi-NT deriva dalla sua capacità di colonizzare selettivamente le regioni ipossiche (<0,5% di ossigeno) dei tumori e di esercitare un effetto citotossico localizzato6. Sebbene altri clostridi precedenti a C. novyi-NT siano stati studiati per il loro effetto antitumorale, C. novyi-NT è stato il primo ad essere somministrato sotto forma di spore invece che di bastoncini vegetativi4. Oltre ad essere relativamente non immunogenico, la somministrazione di C. novyi-NT sotto forma di spore aggiunge un ulteriore livello di specificità del tumore poiché la germinazione è favorita all'interno del microambiente tumorale ipossico4,6. Le spore, essendo dormienti, sono anche resistenti all'ossigeno che altrimenti le ucciderebbe nella loro forma vegetativa6. Sebbene le spore siano quindi la forma clostridica ideale per la terapia del tumore, si sa poco su ciò che fa germinare una spora di C. novyi-NT, oltre alla necessità di un ambiente riducente. Inoltre, ciò che rende C. novyi-NT un colonizzatore efficace per alcuni tumori ma non per altri rimane un mistero7.

Le nostre attuali conoscenze sulle spore batteriche e sulla germinazione si basano in gran parte sui generi Bacillus e Clostridium8,9. In sostanza, i batteri sporulano quando le risorse metaboliche sono scarse ma germinano quando prevalgono nuovamente condizioni ricche di risorse. La capacità di attendere pazientemente il ritorno di condizioni favorevoli in uno stato dormiente racchiude il vantaggio di sopravvivenza dei batteri sporulanti. Nei batteri patogeni, questo processo ciclico guida la patogenesi, poiché una volta che le spore benigne infettano i loro ambienti bersaglio, germinando nelle loro forme vegetative produttrici di tossine10,11,12. La germinazione può essere divisa in due fasi13. La prima fase inizia con l'interazione di piccole molecole nutritive germinanti con proteine ​​specifiche chiamate recettori della germinazione (GR). L'attivazione di GR provoca il rilascio di cationi monovalenti (H+, K+ e Na+) e dipicolinato di calcio (CaDPA), nonché la parziale idratazione del nucleo della spora. Nella seconda fase, lo strato della corteccia sporale viene idrolizzato, portando all'espansione del nucleo e alla completa idratazione, completando la transizione dalla dormienza. Successivamente, il DNA, la sintesi proteica e le principali vie metaboliche diventano attive, determinando la crescita della forma vegetativa14.

5). Once this number was filtered to the key pro-germinants, a full factorial design (Supplementary Table 2) was then used to analyze any interactions amongst them. In all experiments, germination was measured by the drop in OD600 over time. All germination positive readings were verified by loss of refractility under phase contrast microscopy. High non-physiological concentrations were first used in the germinant screens to minimize false negatives. Dose response studies were subsequently used to study the screened germinants at physiological concentrations. In this study, all germinant candidates are cataloged in Supplementary Table 3, technical terms used in the DOE graphs are defined in Supplementary Table 4, and all statistical tests performed are listed in Supplementary Table 5./p>10% (green) were identified as germinants. Significant at ****p ≤ 0.0001,***p ≤ 0.001,**p ≤ 0.01,*p ≤ 0.05, ns p > 0.05 (unpaired t-test) when compared to 4-aminobutyric acid. b Germination response of valine analogs (91.5 mM) L-2-aminobutyric acid (orange circles), D-2-aminobutyric acid (pink circles), L-norvaline (dark green circles), D-norvaline (purple circles), S-(3)-aminobutyric acid (gray circles) in the presence of the inhibitors D-cysteine and D-alanine (91.5 mM concentration). Significant at ****p ≤ 0.0001,***p ≤ 0.001,**p ≤ 0.01,*p ≤ 0.05, ns p > 0.05 (unpaired t-test) when compared to corresponding water controls. c Dose response curve for germination response at different concentrations of L-2-aminobutyric acid (orange), D-norvaline (purple) and L-cysteine (green) (normalized to germination with D-valine at the highest concentration 91.5 mM) shows potency of valine analogs similar to L-cysteine. Circles depict individual values. Solid lines depict the least squares fit regression curve. Shaded area shows the 95% confidence error bands for each amino acid fit. EC50 values are shown in the legend. d Proposed two-component signaling framework for C. novyi-NT germination. All germination data depict mean ± SD, n = 4 biologically independent samples. Germination % for all graphs are defined in Supplementary Table 4./p>99% phase bright spores. The spore concentration was adjusted to 5 × 109 CFU/ml by appropriate dilution in 1× PBS using a standard curve correlating OD600 absorbance to cell count./p>

3.0.CO;2-8" data-track-action="article reference" href="https://doi.org/10.1002%2F%28SICI%291097-0215%2819960904%2967%3A5%3C661%3A%3AAID-IJC12%3E3.0.CO%3B2-8" aria-label="Article reference 58" data-doi="10.1002/(SICI)1097-0215(19960904)67:53.0.CO;2-8"Article CAS Google Scholar /p>